同濟大學有關方面表示，楊杰的行為背離了一個教育工作者和學者基本的科學精神和誠信操守，違反了學校和教育部有關規章制度，根據同濟大學與其簽訂的聘用合同的有關條款，學校決定終止與楊杰的聘用合同，并同時解除對其同濟大學教授職務的聘任。
楊杰于2004年9月通過公開招聘，被任命為同濟大學生命科學與技術學院院長、教授。2006年3月21日，同濟大學表示因楊杰在學科建設、行政管理等方面不適合擔任院長等行政職務，正式免去其院長等職務。
早在2004年10月，方舟子就在他的博客上發表了《神秘的同濟大學生命科學與技術學院新院長》一文，質疑楊杰履歷造假，在網上引起了較大反響。
同濟大學在收到反映楊杰涉嫌學術造假的舉報后，經查證，楊杰確實存在以下造假行為：
2005年3月，在有關博士點申報材料中，一篇2004年發表于《肺癌》（Lung Cancer）雜志的論文被列入楊杰作為第一作者的論文清單。經查證，該論文并非楊杰的成果。文獻檢索所顯示的“J．Yang”，不是“Jie Yang”，而是“Jun Yang”。楊杰在《肺癌》雜志刊出的論文是在填寫申報材料之后，而且楊杰是第二作者。
2005年7月，楊杰在申報長江學者特聘教授候選人的申請材料中，再一次將Jun Yang 在《Lung Cancer》上發表的論文列入自己的成果清單。
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